Генетика старения живых существ

Старение мозга людей и мух объединила работа 50 генов

Сравнительный анализ РНК клеток префронтальной коры человека и тканей головы дрозофилы позволил определить уровень экспрессии генов, связанных со старением, — говорится в исследовании, опубликованном в журнале PLoS One.

Исследователи из Университета Айовы под руководством Джо Уэбба (Joe L. Webb) и Симона Мо (Simon M. Moe) проанализировали данные о работе генов в клетках префронтальной коры человека и клетках тканей головы дрозофилы (мозга и зрительной системы). Биологи использовали данные статей из открытых источников, которые содержали РНК-секвенирование (транскриптом) нужных тканей у здоровых субъектов, для которых был известен возраст. Транскриптомы для анализа состояли из большого количества коротких РНК-прочтений, которые прошли фильтр по достоверности прочтения каждого нуклеотида. Полученные последовательности выровняли на геномы соответствующих организмов — то есть сопоставили последовательности секвенирования всей совокупности ДНК клеток и определили ген, к которому относится фрагмент. Далее все образцы случайным образом разделили на тренировочные и тестовые данные для нескольких видов моделей машинного обучения. Алгоритмы решал регрессионную задачу — то есть по данным секвенирования предсказывал возраст человека или мухи. Лучше всех справился алгоритм XGBoost: для человека его точность была 80 процентов, а для мухи — 93. Именно его и выбрали для последующего анализа. Все гены ранжировали по степени корреляции их экспрессии с возрастом от самой сильной корреляции к самой слабой. И у человека, и у мухи отобрали по 1000 генов, экспрессия которых сильнее всего коррелировала с возрастом. Далее в этих списках искали совпадения, чтобы определить 50 совпадающих (эволюционно консервативных) из них. Данные об экспрессии этих генов позволили достоверно предсказать возраст владельца при помощи алгоритмов машинного обучения. На основе экспрессии также удалось классифицировать образцы по возрастным группам с точностью 93 процентов для дрозофилы и 88 процентов для человека.

То, что исследовалась экспрессия генов в нервной системе таких далёких линий эволюции животных. как человек и дрозофилла демонстрирует то, что старение это нормальный элемент существования этих и всех остальных организмов, и абсолютно бесперспективны попытки так называемой борьбы с этим, множества как бы биологов и как бы врачей.

Оставить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *

four × two =