Хараппская цивилизация возникла в 7 тысячелетии до нашей эры. в центральном и южном Пакистане. Расцвет хараппской цивилизации пришелся на 2600— 2200 годы до нашей эры. К его началу люди из долины Инда контролировали огромные территории: почти весь Пакистан и большой кусок северо-восточной Индии от предгорий Гималаев до Гуджарата и современного Мумбая. Самое северное поселение людей долины Инда обнаружено на территории южного Таджикистана, за Памирским хребтом — видимо, это был торговый пост или колония.
Крупнейшими экономическими и культурными центрами хараппской цивилизации были города Хараппа, в честь которого ее и назвали, и Мохенджо-Даро, чьи остатки сохранились лучше всего.

Мохенджо-Даро — самый древний на планете город с централизованной системой канализации. Почти в каждом из домов был колодец с чистой водой, а также помещение для принятия ванн и стирки, а в некоторых обнаруживаются кирпичные строения, напоминающие современные унитазы. Отходы из них смывались в канализацию водой, оставшейся после купания в ваннах.
Большинство домов было подключено к единой дренажной системе из керамических труб, проложенных под брусчаткой городских улиц с учетом гравитации. Они вели в каменные отстойники, где отходы разделялись на жидкую фракцию, которая отводилась обратно в Инд, и твердую, использовавшуюся для удобрения полей. В 2012 году археологи раскопали Великую баню Мохенджо-Даро — огромный бассейн с проточной водой, который, вероятно, использовался для религиозных ритуалов.
Существование этой системы является свидетельством того, что в Мохенджо-Даро была создана самая древняя на планете и при этом весьма совершенная система стратегического городского планирования — любая постройка, возведенная без учета общей логики канализации, могла привести к затоплению нечистотами сотен домов и улиц.
Планирование хорошо видно на топографических снимках руин города — большинство его улиц пересекаются под прямым углом, почти так же, как через два тысячелетия предлагал строить Гипподам.
Обслуживание канализации требовало наличия в городе и отлаженной системы муниципальных служб, которые следили за состоянием сливных колодцев и труб. Впрочем, некоторые находки указывают на то, что такие службы эффективно функционировали как минимум не постоянно — некоторые канализационные колодцы и выгребные ямы были законсервированы после того, как в отводящих трубах появлялись засоры, которые так и не получилось устранить.
Мохенджо-Даро просуществовал примерно 7 веков — с 2600-го до 1900 года до до нашей эры. Его упадок совпал с упадком всей цивилизации. В начале 2 тысячелетия до н. э. единая культура долины Инда стала деградировать и распадаться на отдельные региональные культуры, а население постепенно покинуло города и переместилось в сельскую местность.
Исследование, опубликованное в Ячейка, представляет первый в истории анализ генома человека из цивилизации долины Инда. Это открытие было сделано в результате проверки 61 образца скелета, извлеченного из могилы Инда недалеко от Нью-Дели. Несмотря на сложные условия хранения в жарком и влажном климате, небольшое количество ДНК было успешно извлечено из останков женщины, жившей примерно 4,000 лет назад.

Секвенировав древнюю ДНК, исследователи обнаружили подробности генетической истории цивилизации долины Инда. Вопреки теориям, которые предполагали, что методы ведения сельского хозяйства были привнесены в Южную Азию мигрантами из “Плодородного полумесяца”, генетический анализ выявил другую историю. Родословная женщины представляла собой смесь ДНК жителей Юго-Восточной Азии с примесью ДНК жителей раннего Ирана. Это указывает на то, что люди цивилизации долины Инда или самостоятельно разработали методы ведения сельского хозяйства, прочём раньше жителей “Плодородного полумесяца”, либо узнали их из другого источника.
Эти исследования служат свидетельством способности древней ДНК освещать прошлое.